潔凈空調系統的施工安裝是潔凈廠房施工建造的重要組成部分，必須按照潔凈廠房工程的整體施工要求、計劃進度和潔凈室*的施工程序組織安排。潔凈空調系統的施工安裝要求如下：
1、承擔潔凈室潔凈空調系統施工的企業，應具備相應的工程施工安裝的資質，符合相應的質量管理體系。
2、承擔潔凈室潔凈空調系統施工安裝的施工企業，應按潔凈室工程的整體施工程序、計劃進度安排施工，并應注意與土建工程施工及其他專業工種的相互配合。施工過程中應按規定做好與各專業工程之間的交接，并相互保護好已施工完的“成品”，認真辦理必要的交接手續和簽署記錄文件，有的還需業主、監理共同簽署。
3、潔凈室潔凈空調系統的施工安裝以及風管及附件的制作、設備和管道的安裝、檢查驗收、測試等均應符合 CB 50591 -2010《潔凈室施工及驗收規范》 和GB 50243- -2002 《通風與空調工程施工質量驗收規范》的有關規定。
4、不同的潔凈室其潔凈空調系統的施工安裝方案和程序也不同，因此，必須嚴格按設計圖的各項要求進行。施工過程中由于各種原因需進行修改時，應得到工程監理和設計方的認可，必要時應得到業主的同意。在施工過程中，需由施工企業承擔必要的深化設計時，其設計文件應得到設計方確認。
5、施工過程中所使用的材料、附件或半成品等，必須按規范和設計圖的有關規定和要求進行驗收，要得到工程監理的認可，并做質量記錄。
6、隱蔽工程。在進行隱蔽前必須經工程監理的驗收和認可，并做質量記錄。
7、潔凈空調系統的分項工程一般有：風管及配件制作、風管系統安裝、消聲設備和附件安裝、風機安裝、空調設備安裝、系統檢測、空氣過速器安裝、局部凈化設備安裝、風管和設備的絕熱保溫等。